كان يصلي ثلاث عشرة ركعة لقول عائشة رضي الله عنها كانت صلاة النبي صلى الله عليه وسلم ثلاث عشرة ركعة يعني بالليل وقد ضم بعض العلماء ركعتي سنة العشاء أو ركعتي سنة الفجر إلى عدد ركعات القيام على اعتبار أن أي صلاة تؤدى بعد صلاة العشاء هي من صلاة القيام وكان من هدي النبي صلى الله عليه وسلم في القيام البدء بركعتين خفيفتين قالت عائشة رضي الله عنها كان رسول الله صلى الله عليه وسلم إذا قام من الليل ليصلي افتتح صلاته بركعتين خفيفتين.
وتجدر الإشارة إلى أن قصد النبي من صلاة ركعتين خفيفتين هو فك عقدة الشيطان التي يعقدها على ناصية ابن آدم وهو نائم قال النبي صلى الله عليه وسلم يعقد الشيطان على قافية رأس أحدكم إذا هو نام ثلاث عقد يضرب كل عقدة عليك ليل طويل فارقد فإن استيقظ فذكر الله انحلت عقدة فإن توضأ انحلت عقدة فإن صلى انحلت عقدة فأصبح نشيطا طيب النفس وإلا أصبح خبيث النفس كسلان ولا يفهم من ذلك ضرورة تقيد المسلم بهذا العدد إذا أراد أن يؤدي صلاة الليل فالأمر في ذلك واسع وله أن يقتصر على عدد ركعات أقل أو يزيد عن ذلك وقد وردت الزيادة والنقصان عن الصحابة رضي الله عنهم.
هدي النبي في كيفية قيام الليل ورد في كيفية صلاة قيام الليل التي كان عليه الصلاة والسلام يؤديها بها صلاته إياها إحدى عشرة ركعة فيصلي أربع ركعات طوال ثم يصلي أربع ركعات أخرى ثم يصلي ثلاث ركعات وتر وقد يكون معنى ذلك أنه كان يصلي أربع ركعات يسلم فيهن بعد كل ركعتين ويفصل قليلا ثم يصلي أربعا يفعل فيهن كما فعل في الأربع التي سبقتها ثم يختمها بثلاث ركعات وتر تبعا لقول النبي عليه الصلاة والسلام صلاة الليل مثنى مثنى أو أنه كان يصليها أربع ركعات بسلام واحد ثم يصلي أربعا أخرى بسلام واحد وبعدها يصلي ثلاثا بسلام واحد استنادا إلى ظاهر اللفظ في الحديث الذي ورد عن عائشة رضي الله عنها قولها ما كان رسول الله صلى الله عليه وسلم يزيد في رمضان ولا في غيره على إحدى عشرة ركعة يصلي أربعا فلا تسأل عن حسنهن وطولهن ثم يصلي أربعا فلا تسأل عن حسنهن وطولهن ثم يصلي ثلاثا وكان عليه الصلاة والسلام يقوم مصليا إلى أن تتورم قدماه شكرا لله تعالى ورجاء رحمته كما كان يطيل القراءة في القيام ويطيل التسبيح في الركوع والسجود.
وقد ذهب جمهور العلماء من المالكية والشافعية والحنابلة وفي قول حسن عند الحنفية إلى أن سنة النبي عليه الصلاة والسلام في قراءة صلاة الوتر أن يقرأ في الركعة الأولى بسورة الأعلى ويقرأ في